A 18. században a mai bazilika helyén a Hetz-Theater, a Heccszínház állt. A létesítményben állatviadalokat szerveztek. A városrész ez idő tájt alakult ki, melyhez Lipótváros egyik gazdag polgára, Zitterbarth János kis templomépítéssel járult hozzá.
1817-re már ezer hívővel alakult meg a lipótvárosi plébánia, így indokolttá vált az igény, hogy Lipótvárosnak saját plébániatemploma épülhessen. Az 1838-as nagy árvíz idején a természetes kiemelkedés, a kis domb tetején több száz lakos talált menedéket a víz sodrása elől, míg a mentőcsónakok megérkeztek értük. Az árvizet túlélők adományokkal támogatták, hogy ezen a helyszínen templom épülhessen.
A tervek elkészítésére Hild József kapott megbízást. A munkálatokat már 1846-ban megkezdték, de az 1848–49-es forradalom és szabadságharc után, 1851. augusztus 14-én folytatódhatott csak a munka. Legfőbb mecénás Sina Simon báró volt. Hild József vezette a munkálatokat 1867-ben bekövetkezett haláláig. Nem sokkal ezután vélhetően az építőanyagok minősége miatt a kupola beomlott.
Ybl Miklós neoreneszánsz stílusban átdolgozta a terveket, és 1891-es haláláig vezette a munkálatokat. A belső munkálatokat és díszítőmunkálatokat Kauser József vezetésével végezték el készre. A zárókő elhelyezése 1906. december 8-án az uralkodó jelenlétében történt meg.
