Egyiptomi tartózkodása alatt értesült, hogy Franciaország háborút veszített, az osztrákok majdnem minden franciát kiűztek Itália területéről. A britek éberségét kijátszva 1799. augusztus 24-én visszatért Franciaországba.
Addigra azonban a köztársaság csődbe ment, a Direktórium népszerűségét elvesztette és meggyengült. Bonaparte, népszerűségénél fogva tárgyalásokat folytatott a kormányzat megdöntéséről Emmanuel Sieyès direktorral, Talleyrand közvetítésével. Talleyrand, Sieyès, Roger Ducos direktor, Joseph Fouché rendőrminiszter votak az államcsíny szervezői. Hozzájuk csatlakozott Napóleon öccse, Lucien, az Ötszázak Tanácsának újonnan választott elnöke.
1799. november 9-i törvényhozói testületi ülést áthelyezték a Saint-Cloud-ba. Bonapartét pedig a fővárost védő seregek parancsnokává nevezték ki. Gondoskodtak arról, hogy a jakobinusok szervezkedéséről rémhíreket terjedjenek el.
A képviselők, Bonaparte hatalmától való megfosztását követelték, miután rájöttek, hogy államcsínnyel állnak szemben. Napóleon válaszul seregeivel betört a Saint Cloud-ba és feloszlatta az Ötszázak és a Vének Tanácsát, majd néhány képviselővel megállapodtak a hármas konzulátus felállításáról. A hármas konzulátus tagjai Bonaparte, Sieyès és Ducos lettek. Ezzel a Direktóriumot feloszlatták.
